Appelé à Anvers en 1613, il y dessine les plans de l'église Saint-Ignace (aujourd'hui Saint-Charles-Borromée) sous la direction de François d'Aguilon. À la mort de ce dernier (1617) Pierre Huyssens en devient le maître d'œuvre et donne alors toute sa mesure comme (probablement) le meilleur architecte baroque des Pays-Bas de l'époque. Collaborant avec Pierre-Paul Rubens qui décore l'église Saint-Ignace de ses célèbres peintures, il fait de cette église un chef-d'œuvre.
Après une année passée à Rome (1626-27) il revient en Belgique où il construit l'église Saint-François-Xavier (maintenant Sainte-Walburge) à Bruges. Ensuite ce sont les plans de l'église du collège de Namur (aujourd'hui Saint-Loup), un petit joyau du baroque belge. La construction en est terminée seulement en 1641.
En 1628, il dessine les plans de l'église de l'abbaye Saint-Pierre, à Gand. Dans la plupart des cas, la construction de tels édifices prenant de nombreuses années, le frère-architecte n'en voit pas l'achèvement.
