En 1995, il rentre au journal Libération, qu'il redresse également : Libération redevient rentable très rapidement, dès 1996. Il acquiert une réputation dans le domaine de la restructuration, de la baisse des coûts, de la stratégie financière[2],[1].
De [3] à [4], il est le président et directeur de la publication française du quotidien gratuit 20 Minutes. Son départ fait suite à un désaccord stratégique, Pierre-Jean Bozo menant une politique d'investissement et d'expansion du quotidien[5],[6].
En 2017, l'UDA annonce qu'il quitte ses fonctions au sein de l'association pour se consacrer à des « projets entrepreneuriaux ». Pierre-Jean Bozo est par ailleurs vice-président du conseil d’administration de l’Institut pratique du journalisme, administrateur de l’université Paris-Dauphine et vice-président du Medef-Paris et administrateur du Medef-Ile de France[7].
