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Pierre-Henri Castel s'intéresse en particulier à l'analyse épistémologique de la psychanalyse, à sa critique, et en particulier aux grandes thèses échafaudées par Sigmund Freud, Jacques Lacan et Wilfred Bion. Il essaie d'intégrer les critiques épistémologiques (Grünbaum, Popper), mais aussi celles de nature historiographique.
Introduction à « L'interprétation du rêve » de Freud. Une philosophie de l'esprit inconscient, PUF, Collection « les grands textes de philosophie », Paris, 1998.
(dir.) Le moi contre sa sexualité, Collection débats philosophiques, 2002. (ISBN9782130523741)
La métamorphose impensable. Essai sur le transsexualisme et l'identité personnelle, Gallimard, Paris, 2003.
Âmes scrupuleuses, vies d'angoisse, tristes obsédés, volume 1 : Obsessions et contrainte intérieure de l'Antiquité à Freud, Paris, Ithaque, 2011.
La Fin des coupables, suivi de Le Cas Paramord. vol. II : Obsessions et contrainte intérieure, de la psychanalyse aux neurosciences, Paris, Ithaque, 2012.
Pervers, analyse d'un concept. Suivi de Sade à Rome, Paris, Ithaque, 2014. Lire un extrait
Le Cas Paramord. Obsession et contrainte psychique aujourd'hui, Paris, Ithaque, 2016. Lire un extrait
Le Mal qui vient. Essai hâtif sur la fin des temps, Paris, Editions du Cerf, 2018.
Mais pourquoi psychanalyser les enfants ?, Paris, Editions du Cerf, 456 pages, 2021.
↑Héloïse Lhérété (ouvrage coordonné par), Michel Foucault : l'homme et l'œuvre : héritage et bilan critique, Auxerre, Sciences humaines éditions, (lire en ligne), « Discuter Foucault pied à pied, le regard de Pierre-Henri Castel (propos recueillis par Jean-François Marmion) », p. 139-141
