La "Petite rivière Port-Daniel" prend sa source de ruisseaux de montagne dans la partie Sud-Est du canton de Honorat lequel fait partie du territoire non organisé de Rivière-Bonaventure.
Cette source est située sur le versant Sud de la ligne de départage des eaux ; la rivière Hall draine le versant Ouest et Nord ; la rivière Port-Daniel du Milieu draine le versant Est. La partie supérieure de la « Petite rivière Port-Daniel » coule plus ou moins en parallèle du côté Est de la rivière Hall.
Cette source de la rivière est située à :
2,1 km au Sud-Ouest de la limite Ouest du canton de Weir, situé dans le territoire non organisé de Rivière-Bonaventure ;
4,4 km au Nord de la limite de la municipalité de Shigawake;
1,0 km au Sud-Ouest de la limite de la MRC de Le Rocher-Percé;
18,7 km au Nord-Ouest du pont de la route 132 qui enjambe l'embouchure du petit barachois situé à la confluence de la "Petite rivière-Port-Daniel".
À partir de sa source, la "Petite rivière Port-Daniel" coule sur 31,0 km vers le Sud, puis l'Est, surtout en milieu forestier et montagneux, répartis selon les segments suivants:
Cours supérieur de la rivière (segment de 12,4 km)
5,3 km vers le Sud, jusqu'à la limite Nord de la municipalité de Saint-Godefroi;
0,8 km vers le Sud, jusqu'à la confluence du ruisseau See (venant du Nord-Ouest);
1,9 km vers le Sud, puis vers l'Est, jusqu'à la confluence d'un ruisseau (venant du Nord);
1,4 km vers le Nord-Est, jusqu'à la limite de la municipalité de Shigawake;
3,0 km vers le Sud-Est, en formant une courbe vers l'Est, jusqu'à la confluence du ruisseau de la Sellette (venant de l'Ouest).
Cours inférieur de la rivière (segment de 18,6 km)
1,4 km vers l'Est, jusqu’à la confluence d'un ruisseau (venant du Sud-Ouest);
0,5 km vers l'Est, jusqu'à la confluence d'un ruisseau (venant du Nord);
2,1 km vers l'Est, puis vers le Sud, jusqu'à la confluence d'un ruisseau (venant du Sud-Ouest);
1,9 km vers l'Est, jusqu'à la limite de la municipalité de Port-Daniel–Gascons;
0,7 km vers l'Est, jusqu'à la confluence du ruisseau Rankin (venant du Nord);
6,1 km vers l'Est, en formant une courbe vers le Sud, jusqu'à la confluence du ruisseau des Portes de l'Enfer (venant du Nord-Ouest);
1,9 km vers l'Est, en formant une courbe vers le Sud, jusqu'à la confluence du ruisseau Langlois (venant du Sud-Ouest) qui se déverse au Sud du hameau de Clemville;
1,2 km vers l'Est, en serpentant jusqu'à la confluence d'un ruisseau (venant du Nord-Ouest);
2,3 km vers l'Est, jusqu'au pont ferroviaire du Canadien National lequel est situé sur la rive Nord-Ouest d'un petit barachois ;
0,5 km vers l'Est, jusqu'à l'embouchure du petit barachois dont l'embouchure est délimité par le pont de la route 132[2].
Ce petit barachois se déverse du côté Nord-Est dans la « Baie de Port-Daniel » en passant sous le pont de la route 132, laquelle s'ouvre vers les Sud-Est dans La Baie-des-Chaleurs. Cette baie dont la largeur à l'ouverture est de 2,8 km, est délimitée par le "Cap de la Vieille" (du côté Est) et par la Pointe du Sud-Ouest.
La confluence de la rivière est située du côté Nord du village de Port-Daniel-Centre, du côté Sud-Ouest du village Port-Daniel-Est et au Sud-Ouest du barachois de Rivière-Port-Daniel.
