Il est le fils du peintre Josep Maria Marquès i Carles. Il se forma d'abord dans sa ville natale où il apprend le violon auprès de Honorat Noguera et Francesc Montis puis avec le chef d'orchestre italien O. Foce, qui dirige lʼOrquestra del Cercle Mallorquí. En 1859, il reçoit une bourse pour aller à Paris pour étudier le violon avec Jules Armingaud et Delphin Alard. Il entre au Conservatoire de musique et de déclamation à Paris où il a comme professeurs Joseph Massart (violon) et François Bazin (harmonie). Il rencontre Hector Berlioz qui lui donne des conseils. De retour en Espagne, en 1866, il s'établit à Madrid où il entre au Conservatoire avec comme maîtres Francesc Frontera, musicien majorquin, le violoniste Jesús de Monasterio et M. Galiana pour l'harmonie. C'est un des initiateurs de la musique symphonique espagnole, avec sa Sinfonía en sí bemol (1867). Quatre autres symphonies suivront. Il est également l'auteur de diverses pièces de musique de chambre et de nombreuses zarzuelas, parmi lesquelles on peut souligner Justos por pecadores (1872), El Motín de Aranjuez, El aquelarre et, surtout, El anillo de hierro (1878).
Son frère Josep Maria Marquès i García a été peintre comme leur père.
Œuvres
Œuvres symphoniques
1869 Symphonie no 1 en si bémol, sous titrée Història d'un dia (créée le , sous la direction de Jesús Monasterio)
1870 Symphonie no 2 en mi bémol majeur (créée le , sous la direction de Jesús Monasterio)
1876 Symphonie no 3 en si mineur op. 30 (créée le , sous la direction de Jesús Monasterio)
1878 Symphonie no 4 en mi majeur (créée le , sous la direction de Mariano Vázquez)
1880 Symphonie no 5 en do mineur (créée le , qui lui a valu le surnom de «Beethoven espagnol»)
1882El alcalde de Toledo (Teatro de la Zarzuela, le )
1883La cruz de fuego (3 actes, Teatro Apolo, le ))
1884El reloj de Lucerna (3 actes, livret de Marcos Zapata, basé sur des événements en Suisse après la mort de Guillaume Tell, création au Teatro Apolo, le )
1885Un regalo de boda (Zapata, Teatro de la Zarzuela, le ),
1888La campana milagrosa (Marcos Zapata, Teatro del Circo del Price, le )
1889El Motín de Aranjuez (Teatro de la Zarzuela, le )
1889El plato del día (extravagancia lírica en 1 acte, livret de Andrés Ruesga, Manuel Lastra and Enrique Prieto, Teatro de la Alhambra, le )
1891El monaguillo (zarzuela cómica en 1 acte, livret de Emilio Sánchez Pastor, Teatro Apolo, le )
El aquelarre (Teatro del Principe Alfonso)
Autres
1872Primera lágrima (première version pour orchestre, , la seconde pour piano, )