Paulette Constance Flachat est née à Lyon le 28 décembre 1919. Son père est Jean Flachat, un employé comptable, (1870-1932) et sa mère Jeanne Roche (1893-1957), employée[2]. Elle a un frère, Paul Flachat, né en 1923.
Lorsque son père décède, en 1932, Paulette Flachat a 13 ans. Après des études secondaires dans une école catholique, elle s'inscrit à la Faculté de lettres et poursuit des études de philosophie tout en travaillant. Elle obtient une licence en philosophie[3].
Après la Libération, Paulette Péju travaille comme journaliste au quotidien Lyon libre, issu de la Résistance, dirigé par André Ferrat et dont le rédacteur en chef est Victor Fay, de sa création en 1944 jusqu’à sa disparition en 1950. Elle y est responsable des informations générales, puis des pages culturelles[2].
Elle s’installe ensuite à Paris avec son mari et leurs trois enfants.
En 1954, elle fait partie de l’équipe fondatrice de la station de « radio périphérique » Europe 1, aux côtés, entre autres, de Maurice Siegel, Pierre Sabbagh et Claude Terrien. Elle est secrétaire de rédaction au journal parlé, d’abord pour les informations générales et la politique étrangère, puis comme cheffe des reportages. Elle y est également chargée à plusieurs reprises de magazines[3].
Fin 1958, elle démissionne d'Europe 1, pour raisons personnelles, et entre peu après au quotidien Libération d’Emmanuel d’Astier de la Vigerie, où elle occupe le poste de rédactrice au service de politique étrangère dirigé par Albert-Paul Lentin[3].
En 1961, elle publie Les Harkis à Paris, où elle raconte les exactions commises, sous la direction du préfet de policeMaurice Papon, par la Force de police auxiliaire, une unité de police qui compte des policiers arabes, chargée de démanteler les réseaux du FLN. Elle rapporte les contrôles d'identité au faciès, les perquisitions, fouilles, enlèvements, séquestrations arbitraires, parfois accompagnées de tortures, voire d'assassinats. Le livre est majoritairement composé de témoignages de victimes ou d'ayant droit de victimes, de certificats médicaux, tous documents fournis par le collectif d'avocats, dirigé par Jacques Vergès, travaillant pour le FLN[4],[5]. Le livre est immédiatement saisi.
Un autre manuscrit terminé en 1962, Le 17 octobre des Algériens, écrit avec Marcel Péju, reste non publié par François Maspero, le premier gouvernement algérien "déconseillant" sa sortie, n'appréciant pas la mise en valeur du FLN dont certains dirigeants figurent alors parmi ses opposants[5].
Elle publie aussi en 1962, avec Ernest Bolo, la première traduction française du livre d’Isaac Deutscher, Trotsky, le prophète armé[8].
Paulette Péjus travaille pour Libération jusqu'à ce que le journal cesse de paraître, en novembre 1964. Ensuite, elle travaille pour diverses publications et dans l'édition ; elle est notamment pigiste de 1964 à 1969 à Constellation et Science et Vie[3].
Ses deux premiers ouvrages interdits en 1961 ne sont réédités qu’en 2000 aux éditions La Découverte. Ce même éditeur publie en 2011 Le 17 octobre des Algériens avec une introduction et un texte original de Gilles Manceron analysant les raisons de la « triple occultation » de ce massacre. Il obtient le Prix de la Fondation Séligmann pour l’éducation contre le racisme[3],[9].
Elle décède à Villejuif, le 15 février 1979. Elle est inhumée dans la tombe de ses parents au cimetière de Champagne-au-Mont-d'Or[10].