Capturé en 1941, il est emprisonné au Canada. Libéré en 1947, il est réincorporé dans la Bundesmarine, lorsque la marine de l'Allemagne de l'Ouest est créée en . Il termine sa carrière en tant que Flottillenadmiral.
Avant ses 17 ans, Otto Kretschmer commence sa carrière navale. Il passe huit mois à Exeter, Angleterre où il apprend l'anglais. Début , il suit la formation d'officier, passant trois mois sur le bateau école Niobe et un peu plus d'une année sur le croiseur légerEmden.
En , il sert sur le croiseur léger Köln, et en , il est transféré dans les U-Boot. Il reçoit une formation en tant qu'officier de sous-marins. Son premier commandement est sur le U-35 et il participe à une patrouille dans les eaux espagnoles en 1937 pendant la guerre d'Espagne.
En , il quitte le U-35 et prend le commandement du U-23 de type II. Après le déclenchement de la guerre en , il obtient ses premiers succès à bord du U-23 lors de patrouilles en mer du Nord le long des côtes anglaises et écossaises.
En , il pose neuf mines à Moray Firth, Écosse. Le , il obtient son premier grand succès en coulant le pétrolier danois Danmark (10 517 tonnes).
Juste un mois plus tard, il coule le destroyer anglais HMS Daring (1 375 tonnes).
Il quitte le U-23 en et le même mois, il prend le commandement du U-99. Après deux mois d'entrainement, le U-99 quitte Kiel pour sa première patrouille en . Lors des patrouilles suivantes, Otto Kretschmer devient célèbre sur ce sous-marin par ses attaques nocturnes en surface contre les convois, et sa devise « Une torpille... un navire » est créée.
En , il coule trois croiseurs commerciaux armés britanniques : les Laurentic (18 724 tonnes), Patroclus (11 314 tonnes) et Forfar (16 402 tonnes) pour un total de plus de 46 000 tonnes. À cette époque, « Otto le Taciturne » devient le « roi du tonnage » parmi les sous-mariniers et il n'est ensuite jamais détrôné.
Lors de sa dernière patrouille, il connaît une belle réussite et attaque dix navires. Il est capturé après avoir sabordé le U-99 le à 3 h 43 au sud-est de l'Islande - position approximative 61N, 12W - après avoir été endommagé par des charges de profondeurs lancées par le destroyer britannique HMS Walker(en). Schepke disparaît lors de la même bataille. Kretschmer parvient à faire surface et sauve 40 de ses 43 hommes d'équipage (l'officier mécanicien meurt) avant que le sous-marin ne coule.
Après sa capture, il passe plus de six ans et demi en captivité dont quatre ans au camp 30 situé au Canada (aussi appelé camp Bowmanville(en)). En , on l'autorise à revenir en Allemagne.
, Kretschmer en uniforme de Flottillenadmiral, le deuxième à partir de la droite, lors d'une réunion de l'Amicale des marins allemands.
En , Otto Kretschmer rejoint la Bundesmarine, qui est officiellement créée en . En 1957, il prend le commandement de la 1. Geleitgeschwader (1re escadre d'escorte). En , il devient le commandant de l’Amphibische Streitkräfte (Force amphibie). Début 1962, il occupe divers postes au sein de l'état-major avant de devenir chef d'état-major du commandement de l'OTAN des approches de la Baltique (COMNAVBALTAP) en . Fonction qu'il occupe durant quatre ans. Il prend sa retraite en avec le grade de Flottillenadmiral.
Lors de vacances durant l'été 1998, Otto Kretschmer participe à une croisière sur le Danube pour fêter ses cinquante ans de mariage. Le à Straubing en Bavière orientale, il chute d'une passerelle et se blesse gravement à la tête. Il meurt trois jours plus tard à l'hôpital, âgé de 86 ans. Il est incinéré et ses cendres sont dispersées en mer du Nord.
↑Philippe Meheut, « En l'air ... et sous la mer : Vingt et un millions de tonneaux engloutis », Science et Vie Junior - La seconde Guerre Mondiale, , p. 84-85
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