Après le traité de Versailles en 1919, le premier conseil[Quoi ?] pour la construction de navires est inclus dans le budget de 1921. Ces premiers navires sont des croiseurs de la Kaiserliche Marine de Classe Cöln. À l'origine, on devait utiliser l'une de ces coques inachevées mais la Commission de contrôle militaire interalliée l'interdit. Les navires sont alors démolis mais certaines parties sont sauvegardées pour une nouvelle construction.
Le 7 janvier 1925, l'Emden est mis à l'eau au Kriegsmarinewerft. La construction a été retardée par des problèmes de financement en raison de l'hyperinflation de la république de Weimar et des difficultés dans l'achat des matériaux ainsi que des modifications demandées par la Commission de contrôle sur les tourelles. Le plan original était de 8 canons de 15 cm avec 4 double affûts, ce qui aurait fait du navire l'un des plus avancés de son temps. Or, le traité de Versailles interdit le développement de nouveaux systèmes d'armes, y compris les nouvelles tourelles. L'Emden ressemble donc à ses prédécesseurs.
La mise en service a lieu le 15 octobre 1925. Le SMS Niobe est déclassé.
L'Emden sert de navire-école et effectue plusieurs voyages dans ce cadre :
Premier voyage --- 14 novembre 1926 au 14 mars 1928
Atlantique, Le Cap, les îles Cocos, Japon, Alaska, Cap Horn, Rio de Janeiro, Açores, Espagne.
Durant ce voyage, il franchit la fosse des Philippines qu'on mesure à 10 400 m, il s'agit de la première mesure de plus de 10 000 m de profondeur. Le point est baptisé "point Emden".
Second voyage --- 5 décembre 1928 au 3 décembre 1929
Canal de Suez, Australie, Hawaii, Canal de Panama, Las Palmas (Canaries).
Troisième voyage --- 13 janvier au 13 mai 1930
Madère, Nouvelle-Orléans, Jamaïque, Puerto Rico, Las Palmas, Santa Cruz.
Quatrième voyage --- 1er décembre 1930 au 8 décembre 1931
Après ces années de service comme navire de formation, il est temporairement hors service en 1933 et 1934 pour d'importants travaux de rénovation. Le foyer de la chaudière est converti du charbon au pétrole, l'augmentation de l'offre de carburant possible, des grands tubes lance-torpilles sont installés. Il redevient navire-école des cadets jusqu'en 1939.
Cinquième voyage --- 10 novembre 1934 au 14 juin 1935
Santa Cruz (Tenerife), Le Cap, Trinconmali, Indochine, Canal de Suez, Alexandrie, Carthagène, Santa Cruz, Ponta Delgada, Lisbonne, Vigo.
Sixième voyage --- 25 octobre 1935 au 12 juin 1936
Açores, Caraïbes, Venezuela, Canal de Panama, Portland (Oregon), Honolulu, Hawaii, Canal de Panama, Baltimore, Montréal, Barcelone.
Septième voyage --- 10 octobre 1936 au 23 avril 1937
Cagliere (Sardaigne), Varna (Bulgarie), Canal de Suez, Ceylan, Thaïlande, Japon, Chine, Canal de Suez, Falmouth (Royaume-Uni).
Huitième voyage --- 11 octobre 1937 au 23 avril 1938
Espagne, Canal de Suez, Colombo, Surabaya / Balawan, Massawa (Afrique de l'Est), Atlantique.
Neuvième voyage --- 26 juillet au 15 décembre 1938
Du 29 mars au 15 avril 1939, le navire sert dans le service de protection de la pêche. Le , il est photographié depuis l'aviso garde-pêche français Ailette près de Reykjavik.
Le 4septembre 1939 à Wilhelmshaven, l'Emden est endommagé à la proue par un Bristol Blenheim ; il y a neuf morts et vingt blessés.
En 1940, il participe à l'opération Weserübung et se rend dans l'Oslofjord où le Blücher (1937) sombre le 9avril. L'Emden est endommagé par le mouilleur de mines norvégien Olaf Tryggvason, et ne participe alors plus aux combats[1]. Le , il amarre à Oslo et effectue trois services jusqu'au 7juin puis est transféré à Świnoujście.
Comme il ne participe plus à des batailles, il sert de nouveau de navire-école. Après une période de chantier à partir de au 15février 1941, le navire est prêt à servir. Du 26 au 27septembre 1941, il soutient les opérations de débarquement sur les îles de la Baltique et tire avec le croiseur Köln (1928) environ 600 obus de calibre 15 cm sur les batteries côtières soviétiques de Saaremaa. Il sert ensuite encore de navire-école et revient au chantier de Wilhelmshaven de juin à novembre 1942. Du 19 au 21septembre, du 1er au 2 et du 5 au 6octobre 1944, il participe à des opérations de pose de mines dans le détroit de Skagerrak. Le 9décembre, il revient dans l'Oslofjord. Le , il vient à Königsberg pour ensuite aller au chantier de Schichau-Werke.
Le 23janvier 1945, l'ordre de marche est donné en raison de l'approche de l'Armée rouge. Il accompagne le transfert depuis le mémorial de Tannenberg des corps de Paul von Hindenburg et de son épouse jusqu'à Baltiïsk. Les 9 et 10avril, le navire est gravement endommagé par les bombardements. Le , il est remorqué dans la baie de Kiel avec une gîte de 15 degrés à bâbord. Il est démantelé le . L'Emden est sabordé le 3mai 1945 dans la baie sous le commandement du capitaine-lieutenant Helmut Kummer ; les restes sont démolis en 1948.