Ce fut le point de départ de l'invasion sanglante menée en 1220-1222 par les armées mongoles en Asie centrale et qui, après Otrar tombé le , dévasta Boukhara, Samarcande, Merv et bien d'autres villes de la région.
En 1405, Tamerlan mourut à Otrar alors qu'il partait en campagne contre la Chine des Ming.