Gracias a commencé son ministère sacerdotal comme chancelier et secrétaire de l'évêque de Jamshedpur de 1971 à 1976 avant de devenir curé de la paroisse du Sacré-Cœur de Santa Cruz à Bombay.
À son retour de Rome, il a été secrétaire de l'archevêque de Bombay de 1982 à 1986, puis vicaire judiciaire de l'archidiocèse de Bombay de 1988 à 1997. Durant cette période, il a participé à la création des tribunaux matrimoniaux dans divers diocèses de l'Inde.
Parmi ses différentes responsabilités, il a été consulteur du Conseil pontifical pour l'interprétation des textes législatifs (1997), consulteur du « comité doctrinal » de la Conférence épiscopale indienne (1990-1994), président de la Commission pour le droit canon et les autres textes législatifs de la Conférence épiscopale (1998) et secrétaire général de la Conférence épiscopale de l'Inde (1998-2002).
Il est actuellement premier vice-président de la Conférence des évêques catholiques d'Inde (BCBI)[1] et président de la Commission pour les communications sociales de cette même conférence.
Il aurait dû présider le synode sur la parole de Dieu d'octobre 2008 mais, « indisposé », il a été remplacé par le cardinal George Pell le [2].
Il participe au conclave de 2013 qui élit François. Le , le nouveau pape constitue un groupe de neuf prélats issus de tous les continents, chargés de l'épauler dans la réforme de la Curie romaine et la révision de la constitution apostoliquePastor Bonus. Pour l'Asie, c'est le cardinal Gracias qui est choisi[3].
