Professeur d’orgue dans plusieurs écoles de musique, il oriente ensuite sa carrière vers la direction. Titulaire du certificat d’aptitude aux fonctions de directeur de conservatoire, Nicolas Bucher a dirigé le conservatoire à rayonnement départemental d'Arras de à . De à , il est directeur des études musicales du Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Lyon.
De 2011 à 2018, Nicolas Bucher vit et travaille à Vézelay où il dirige la Cité de la voix, un lieu unique consacré à l’art vocal sous forme de résidences artistiques, d’un ensemble vocal professionnel (Arsys Bourgogne) et d’une saison publique. Depuis le il dirige le centre de musique baroque de Versailles[1]. Il occupe le poste d'organiste titulaire à l'église Saint-Gervais à Paris depuis fin 2021.