Puis à mesure que son fils Hugues avance en âge, et sous les impulsions de plusieurs de ses barons, comme Eudes Ier de Grancey ou Gui de Vergy, il se fâche avec sa mère et cherche à se libérer de sa tutelle. Vers , Marie est alors chassée de la cour et privée de son douaire, elle se voit ainsi obligée de demander l'aide du roi de FranceLouis VII le Jeune, qui convoque la mère et le fils pour rendre justice, mais ce dernier ne répond pas à la convocation. Après plusieurs avertissements qui restent sans réponse, le monarque commence à faire ses préparatifs de guerre. Hugues III fait alors alliance avec l'empereur du saint empire germaniqueFrédéric Barberousse, qui envoie alors le comte de ChampagneHenri Ier servir de médiateur auprès du roi et du duc. Henri semble avoir réussi à rétablir la paix entre Hugues et sa mère, sans avoir besoin au recourt armé du roi de France ou de l'empereur germanique[2].
Toutefois, Marie serait morte en 1190, alors que la liste des abbesses affichée à l'intérieur de l'abbaye indique qu'elle aurait été abbesse de 1207 à 1208. Peut-être y a-t-il une confusion avec sa sœur Marguerite, également religieuse à Fontevraud.