Mariano Arrate est né à Saint-Sébastien le . Il est issu d'une famille bourgeoise de la ville. À l'âge de quinze ans, Arrate commence à gagner sa vie en travaillant comme arrimeur et en maniant une grue dans le port de Saint-Sébastien. Mariano Arrate n'est jamais arrivé à être footballeur professionnel et il gagne sa vie en travaillant comme grutier pendant sa carrière sportive, une activité qu'il poursuit durant de nombreuses années après l'arrêt de cette carrière[1].
Arrate, qui commence sa carrière au club de Luchana, rejoint en 1909 l'Athletic de Saint-Sébastien, une équipe de sa ville natale, avant en 1911 d'être recruté par la Real Sociedad, un club créé deux ans auparavant et qui semble devenir l'équipe principale de la ville basque. Mariano Arrate joue au poste de défenseur gauche (les équipes de cette époque jouent usuellement avec uniquement deux défenseurs). Son jeu se caractérise par sa puissance physique, son sens de l'anticipation par rapport au jeu de l'adversaire et sa fermeté en défense.
Arrivé à la Real Sociedad en 1911 à l'âge de 19 ans, il reste 13 saisons dans le club de Saint-Sébastien, jusqu'à sa fin de carrière en 1924, à presque 32 ans. Mariano Arrate a joué 65 rencontres avec la Real Sociedad et a marqué 11 buts. En 1913, il atteint avec son équipe la finale de la Coupe d'Espagne organisée par l'Unión Española de Fútbol de Clubs. La finale se dispute en match aller-retour mais nécessite pour déterminer un vainqueur un match d'appui qui se solde par la victoire du FC Barcelone 2-1. Mariano Arrate participe aux trois rencontres de cette finale. Mariano Arrate fait aussi partie du onze de la Real Sociedad dans le match organisé pour l'inauguration du stade d'Atocha. Cette rencontre se dispute le face à l'Athletic Club.
Outre le subcampeonato d'Espagne de 1913, Arrate gagne avec la Real Sociedad les Championnats de Guipúzcoa de 1919 et 1923. Il est le capitaine habituel du club et il en est de même avec la sélection espagnole en 1920. Mariano Arrate est considéré comme un des meilleurs défenseurs du football espagnol de ce début de siècle ; et comme le premier joueur majeur de la Real Sociedad avec le gardien Agustín Eizaguirre.
Amador Arrate et Miguel Arrate, frères de Mariano Arrate, jouent un temps à la Real Sociedad avec lui, sans avoir la même évolution de carrière.
Il reçoit une distinction de la part de la Real Sociedad. Il meurt le à Saint-Sébastien.
Ses débuts avec la sélection espagnole se font lors du premier match que dispute cette sélection dans son histoire, le à Bruxelles, face au Danemark, que l'Espagne gagne 1-0. Non seulement Arrate fait partie du premier onze de l'histoire de la sélection espagnole, il en est aussi son premier capitaine.
Mariano Arrate participe ensuite à deux autres rencontres internationales amicales. Sa dernière sélection a lieu à Anvers le , rencontre perdue 1-0 par l'Espagne contre la Belgique[4].
En 1922, il participe avec une sélection basque à une tournée en Amérique du Sud.