Elle est née le 14 août 1926 à Carracas d'immigrants juifs. Elle étudie la philosophie et la littérature à l'université centrale du Venezuela en 1947. Elle collabore à plusieurs journaux et magazines littéraires. Elle remporte le prix panaméricain avec un essai et écrit une pièce de théâtre qui reçoit le prix institué par le département d'art dramatique de l'université Columbia à New York. Elle obtient une bourse de trois mois pour étudier dans ce département en 1949. C'est là qu'elle découvre le cinéma et, entre 1949 et 1951, elle étudie à Paris à l'Institut des Hautes Études Cinématographiques (IDHEC), qu'elle quitte afin de réaliser son court métrage Reverón[2].
Margot Benacerraf participa activement à la mise sur pied d'une cinématographie au Venezuela et fut une des fondatrices de la Cinémathèque nationale (1966)[5] dont elle assuma la direction au cours des trois années suivantes.