Il est une première fois sélectionné par les Clippers lors de la draft 1983 de la NBA, mais ce choix est invalidé, car il n'avait que 19 ans, insuffisant au regard du règlement de la draft. Il est de nouveau choisi à la draft en 1985 par les Bullets[4].
Bol arrive en NBA en 1985, devenant le premier Soudanais à y jouer. Il y joue pendant 10 ans, portant le maillot de quatre équipes différentes, parmi lesquelles les 76ers de Philadelphie et les Warriors de Golden State. Lors de son passage aux Bullets de Washington, il a pour coéquipier Muggsy Bogues, plus petit joueur de la ligue (1,59 m), alors que Bol lui-même est, avec le Roumain Gheorghe Mureșan, l'un des deux plus grands joueurs de l'histoire de la NBA (ils mesurent tous les deux 2,31 m[5]).
Il fut le meilleur contreur NBA en 1986 avec 5,0 contres par match[7] et en 1989 avec 4,3 contres par match[7]. Lors de ces deux saisons, il fut également le joueur qui comptait le plus de contres sur l'ensemble de la saison avec respectivement 397 et 385 contres au total[8]. Il a également été élu dans la NBA All-Defensive Second Team en 1986[9].
Il a marqué six paniers à trois points en une mi-temps (12 tentatives) contre les Suns de Phoenix le [10]. En outre, il fut l'un des rares joueurs à maîtriser la technique dite du skyhook (bras roulé).
Il a largement profité de sa notoriété pour faire connaître la situation de son pays alors en guerre civile[5].
La draft 2004 de la NBA marque l'arrivée de Luol Deng en NBA, deuxième joueur soudanais de l'histoire de la ligue et originaire de la même tribu que Manute Bol (les Dinka), lequel l'a incité à jouer au basket-ball lors d'une rencontre en Égypte en 1993.
Il meurt le des suites de complications d'un syndrome de Stevens-Johnson, accompagné de complications rénales[11]. Il a été enterré le à Turalei, au Soudan du Sud, selon les rites Dinkas[5].
Son fils Bol Bol réalise également une carrière professionnelle en NBA.
