Originaire de Sillé-le-Guillaume dans la Sarthe, c'est au HBC Pays de Sillé et au CSCM Le Mans qu'elle fait ses armes dans le handball avant de rejoindre le centre de formation du CJF Fleury Loiret Handball en 2010. C'est véritablement lors de la saison 2012-2013 qu'elle se révèle au grand public à son poste d'ailière gauche puisqu'elle est élue meilleure espoir 2012-2013 de la Ligue Féminine de Handball. Ses bonnes performances avec son club lui permettent de remporter consécutivement à deux reprises le titre de meilleure ailière gauche du championnat en 2014[4] et 2015[5]. Elle s'impose alors comme une joueuse majeure de son club qui, après avoir remporté un premier titre avec la coupe de France 2014, réalise le doublé championnat de France et coupe de la Ligue la saison suivante, ce qui lui permet de participer à la Ligue des champions 2015-2016.
En , elle s’engage avec le club allemand du Thüringer HC, pour sa première expérience à l'étranger[6].
En , elle officialise son retour en France en s'engageant pour deux saisons avec le Metz Handball[8]. Elle y remporte le titre de championne de France et elle est élue, pour la quatrième fois, meilleure ailière gauche de la saison[9]. Un an après son arrivée, elle prolonge à l’automne 2018 son contrat de deux saisons pour être liée avec le club lorrain jusqu'en [10].
En 2021 et après quatre saisons sous les couleurs du Metz Handball, elle ouvre un nouveau chapitre dans sa carrière professionnelle en s’engageant pour un an avec la formation du Bourg-de-Péage Drôme Handball[15]
Manon Houette fait partie des joueuses retenues en équipe de France pour disputer les Jeux olympiques de 2016 à Rio de Janeiro[19]. En finale, la France s'incline face à la Russie et se contente d'une médaille d'argent[20].
En , elle remporte avec ses coéquipières le titre mondial, marquant notamment 4 buts sur 4 tentatives lors de la finale remportée 23 buts à 21 face à la Norvège[21]. Meilleure buteuse de l'équipe de France dans le tournoi avec 35 buts, elle prend une place importante au sein de l'équipe sur son poste d'ailière gauche, partagé avec la capitaine Siraba Dembélé[22],[23].
Sur sa lancée, elle participe au championnat d'Europe organisé en France, et décroche son deuxième titre international majeur grâce à une victoire en finale 24-21 face à la Russie le à Bercy[24].
En janvier 2020, elle est victime d'une rupture du ligament croisé antérieur du genou droit et doit renoncer aux Jeux olympiques de 2020[25]. Si le report d'un an des JO en conséquence de la pandémie de Covid-19 lui offre une seconde chance, Olivier Krumbholz la considère encore trop juste physiquement après sa reprise en janvier 2021 et décide de ne pas retenir Manon Houette pour la compétition qui sera remportée par les Bleues[26].
Autres activités
Le , la handballeuse ouvre une auberge de jeunesse "nouvelle génération" dans le centre-ville de Metz[27], dénommée Flow Hostel en référence au flow. L'établissement compte 5 chambres, avec pour chacune d'entre elles une référence à sa carrière handballistique[28]. L'établissement est néanmoins définitivement fermé après le départ de Houette à Bourg-de-Péage, le secteur ayant par ailleurs été mis en difficulté par la pandémie de Covid-19.