En 1980 est fondée l'association Les Amis de la maison Vauban. Elle installe d'abord une exposition dans une ancienne salle de classe de Saint-Léger.
En 1996, le musée actuel s'installe dans l'ancienne maison de l'architecte et sculpteur Marc Hénard (1919-1992) située sur la place du village, en face de la statue de Vauban.
Le musée comporte une boutique et quatre salles, dont une salle de projection qui présente un DVD sur la vie et l'œuvre de Vauban.
Enfant du village, né en 1633 à Saint-Léger de Foucherêt, il est resté toute sa vie attaché au Morvan et à sa terre natale. Il achète en 1675 le château de Bazoches, non loin de Saint-Léger, pour en faire sa demeure familiale et y installer ses ingénieurs militaires. C'est en 1867, par décret impérial, que Saint-Léger devient Saint-Léger-Vauban.
