Alors que son père est pianiste et que sa mère et sa sœur chantent, Louis apprend seul la batterie. En 1962, il obtient le prix de meilleur batteur au festival de jazz de Johannesburg[1].
En 1963, Louis Moholo rejoint Chris McGregor et le groupe The Blue Notes. Il émigre en Europe avec eux en 1964, et s'installe définitivement à Londres en 1965, où il s'intègre à la communauté sud-africaine en exil qui apportera une importante contribution au jazz anglais, notamment avec le Brotherhood of Breath de Chris McGregor. En 1966, il participe à une tournée à Buenos Aires en Argentine, où il joue au Theatron avec Steve Lacy, Johnny Dyani et Enrico Rava et enregistre l'album The Forest and the Zoo avec les mêmes musiciens[1].
Moholo participe au Brotherhood of Breath dans les années 1970 aux côtés de plusieurs exilés sud-africains, et des musiciens anglais de free jazz (John Surman, Evan Parker...). Il fonde les orchestres « Viva-La-Black » et the « Dedication Orchestra ».
En 1977, il participe au FESTAC 77, un festival des cultures et arts noirs et africains qui se tient à Lagos, au Nigeria, et réunit près de 60 pays[2].