Selon Jean-Clément Martin, l'abbé Barbotin fait partie des quelques rares prêtres réfractaires à s'engager activement dans la contre-révolution : « Il est présent aux combats de l'armée d'Anjou. Sa présence, pour le moins, parait acquise lors d'un massacre de prisonniers. En 1813, il se vantera publiquement d'avoir tué beaucoup de patriotes »[2].
L'ordre est donné aux troupes républicaines de s'emparer de lui, « à quelque prix que ce soit, de ruse ou de force ». Stofflet menace de le fusiller car Louis Barbotin se permet de vivement le reprendre à chaque juron païen. À mesure que l'influence de l'abbé Bernier grandit, la sienne finit par diminuer[1].
Fuite, condamnation et exil
À la suite du désastre de la seconde bataille de Cholet, il traverse la Loire avec l'armée vendéenne et entame la Virée de Galerne. Il s'enfuit lors de la déroute de la bataille du Mans. Il retourne en 1794 à Saint-Georges-des-Gardes, où il se met à exercer en cachette. Le gouvernement le considère comme un « prêtre sanguinaire qui organisa la rébellion » et est déclaré « ennemi de la Révolution et du Gouvernement républicain ». Lors du Coup d'État du 18 fructidor an V, il continue à se cacher, et est condamné le à la déportation. Il se réfugie dans une ferme à Yzernay et y demeure jusqu'en 1800. À la demande insistante de certains de ces paroissiens, il retourne à Saint-Georges-des-Gardes, mais ses déclarations royalistes rendent sa présence indésirable pour les patriotes républicains[1].
Au printemps 1801, il est nommé à Vezins, mais il continue ses déclarations contre le gouvernement. Hostile au Concordat, il manifeste son désaccord en faisant chanter le Te Deum au lieu du Domine, Salvam fac Rem Publicam. Il est dénoncé, arrêté et exilé à Turin en 1802. Il y passe quatre ans[1].
À la suite de cette expérience malheureuse, il décide de démissionner en 1831 et se retire auprès de l'abbé Barreau, curé du Tallud. L'abbé Barbotin décédera le à proximité de Parthenay, dans le presbytère du Tallud[1].
Célestin Port, Dictionnaire historique, géographique et biographique de Maine-et-Loire et de l'ancienne province d'Anjou : A-C, t. 1, Angers, H. Siraudeau et Cie, , 2e éd. (BNF33141105, lire en ligne)