Marks instruisit personnellement beaucoup d’agents alliés envoyés en Europe occupée, y compris son grand ami, le légendaire « Lapin blanc », F. F. E. Yeo-Thomas, et Noor Inayat Khan. Ayant une personnalité hautement sympathique et imaginative (qui s’auto-déclarait peureux), Marks applique continuellement le principe - rarement exprimé - que les agents envoyés en territoire ennemi méritent tout le soutien concevable que peuvent leur fournir ceux qui profitent de la sécurité et de la liberté. Si on considère leur contribution à la liberté et le niveau de leur sacrifice personnel (qui rendrait humbles nombre de soldats vétérans), cette attitude n’est pas courante chez les individus, encore moins dans les administrations.
Bien que chargé seulement des codes des agents, en prenant l’habitude de se promener dans les tanières du lion bureaucratique, le jeune et peureux Mr. Marks a sauvé des vies sur le terrain. L’un de ses premiers défis (auquel l’établissement résiste obstinément) consiste à supprimer progressivement l’usage du double chiffre de transposition, en utilisant une clé cryptographique basée sur des poèmes préalablement choisis. Ces poèmes présentent l’avantage limité d’être faciles à retenir, mais un nombre significatif d’inconvénients, y compris une sécurité limitée, une taille minimale de messages importante (les messages courts sont malheureusement faciles à casser), et le fait que la complexité d’utilisation provoque un nombre important d’erreurs d’encodage, donc de messages incompréhensibles.
La sécurité cryptographique est fortement rehaussée par les innovations de Marks. Découvrant indépendamment une méthode, il constate plus tard qu'elle était déjà utilisée à Bletchley. Tout en cherchant à reléguer l’usage des poèmes en tant que codes aux cas d’urgence seulement, il rehausse leur sécurité en développant l’usage de poèmes originaux plutôt que de poèmes célèbres. Ainsi, le déchiffreur potentiel est forcé de travailler dur sur chaque message, et est incapable de deviner l’ensemble des clés d’un agent en déchiffrant un seul message. Un peu poète lui-même, Marks écrit The Life That I Have, un poème poignant écrit à l'origine pour son amie Ruth Hambro morte dans un accident d'avion au Canada, qu’il donne à l’agent Violette Szabo avant son départ en mission en France et qui deviendra populaire en 1958 lorsqu’il sera utilisé dans le film Carve Her Name with Pride.
Les détecteurs de signaux de la Gestapo font des opérateurs radio clandestins une espèce particulièrement en danger, dont l’espérance d’activité moyenne est de trois semaines environ. Ainsi des transmissions plus courtes et moins fréquentes sont le plus grand cadeau à faire aux opérateurs. Comme ce sont des hommes et qu’ils sont sous pression, ils commettent souvent des erreurs d’encodage. La pratique traditionnelle consiste à demander à l’opérateur de recoder (activité sûre) et retransmettre (activité très dangereuse, surtout pour les messages longs). Pour résoudre ce problème, Marks établit, met en application et entraîne un groupe important (basé à Grendon Underwood, Buckinghamshire) à la cryptanalyse des messages "indéchiffrables", de sorte qu’ils soient traités complètement en Angleterre sans forcer l’agent sur le terrain à courir le risque de retransmettre. D’autres innovations, qui réduisent les risques d’erreurs sur le terrain et la longueur des messages, ont pour effet de réduire le temps de transmission.
Les Allemands, plutôt que tuer simplement les opérateurs radio capturés, cherchent à les retourner et à les utiliser, en leur extrayant assez d’informations pour savoir les imiter convenablement. Pour la sécurité des réseaux de résistance, il est important de déterminer si un opérateur donné est authentique et agit encore librement, et pour cela des moyens de contrôle indépendants sont prévus dès l’origine. Lorsqu'il constate un manque inhabituel d’erreurs, Marks soupçonne (sans pouvoir le prouver) que la situation aux Pays-Bas n’est plus du tout contrôlée par le SOE, que les agents ont été arrêtés et qu’ils sont le jouet des Allemands (qui entre eux appellent cela l'Englandspiel), on lui répète (essentiellement pour des raisons politiques) de se taire. Le SOE ignore ses avertissements, de nombreux agents continuent à être envoyés aux Pays-Bas et sont ainsi livrés directement à la Gestapo et exécutés. L’autre face de cette histoire a été publiée en 1953 par H. J. Giskes dans London Calling North Pole.
