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Ayant obtenu le diplôme de composition à Tokyo puis 7 prix du Conservatoire de Paris, Kanako Abe mène d'abord une carrière de pianiste. Son disque consacré aux œuvres pour piano solo de Toru Takemitsu (2002) a été particulièrement salué par la critique.
Elle fait ensuite ses débuts en tant que cheffe d'orchestre en 2003, puis est invitée à diriger régulièrement le répertoire contemporain avec l'Ensemble L'Itinéraire, l'Ensemble Zéllig, le Smash Ensemble, Tokyo Ensemnable Factory, se produisant au Festival Octobre en Normandie, à la Biennale de Venise, au Festival GMEM de Marseille, au Festival Musica, au Festival l'Archipel de Genève, au Festival Dutilleux. En 2005, elle fonde l'Ensemble Multilatérale, un ensemble de musique contemporaine dont elle a été directrice musicale jusqu'en 2014.
Elle a assuré plus de 170 créations mondiales, en étroite collaboration avec plusieurs compositeurs, notamment Martin Matalon, Michaël Lévinas. Sa discographie comporte quatre disques monographiques de Régis Campo (1999, 2002, 2005[1], 2014), un CD/DVD monographique de Colin Roche (avec l'Ensemble Multilatérale, Sismal-MFA, 2007), un disque consacré à des œuvres symphoniques japonaises (Orchestra Nipponica, 2016) ainsi que les 3 disques monographiques de Yassen Vodenitcharov (2018), de Somei Satoh (2021) et de Jummei Suzuki (2021).
Kanako Abe est présidente du CSJP (Comité des Concerts de charité pour les sinistrés du séisme au Japon à Paris). En avril et en décembre 2011 puis en , elle a organisé et a dirigé des concerts de charité à l'UNESCO sous le haut patronage de l'Ambassade du Japon.
Depuis 2013, Kanako Abe est présidente de l'Association franco-japonaise de la musique contemporaine[2].
En 2014, Kanako Abe a été nommée Directrice Musicale de l'Indonesian Youth Symphony Orchestra (IYSO)[3], ainsi que Directrice Artistique de Musica Universalis[4]. En 2015, elle a été nommée Music Partner de Tokyo Ensemnable Factory[5].
