Désormais médecin, son oncle le nomme médecin adjoint à la maison de santé d'Ivry. Il devient ensuite médecin-chef de l'asile d'aliénés de Niort avant d'être nommé, en 1858, directeur-médecin de l'asile de Blois. Il arrive alors au sommet de sa carrière[2].
En 1864, il devient inspecteur général du service des aliénés et du service sanitaire des prisons de France[2]. Pendant la Guerre franco-prussienne de 1870, il joue un rôle actif comme médecin lors du siège de Paris[3].
En 1882, il est fait membre de l'Académie de médecine. En 1884, il s'occupe de l'organisation préparatoire du congrès de l'association pour l'avancement des sciences qui se tient à Blois. Il meurt cependant d'un refroidissement avant la tenue du congrès[2].
Pierre Duchemin, « Une famille d'aliénistes tourangeaux au XIXe siècle : les docteurs Baillarger, Lunier et Doutrebente », Bulletin de la Société Archéologique de Touraine, vol. XLV, , p. 229-238 (lire en ligne)
Jules Lunier, De l'augmentation progressive du chiffre des aliénés et de ses causes. Premier mémoire, Savy, 1870.