Les frères Elhuyar ont fait leurs études tout d'abord à Paris, puis à l'école des mines (Bergakademie) de Freiberg.
Après avoir isolé le tungstène avec son frère en 1783, il part en 1784 pour la Colombie, où il sera superintendant des mines de la Vice-royauté de Nouvelle-Grenade jusqu'à sa mort en 1796.