En 1988, à l'âge de quatorze ans, Jordi Cruyff arrive à La Masia, le centre du FC Barcelone, après avoir joué dans les équipes de jeunes de l'Ajax d'Amsterdam. Jordi Cruijff joue avec la première équipe du Barça pendant quelques saisons à partir de 1992 lorsque son père en est entraîneur avant d'être transféré en 1996 à Manchester United (pour 2 millions d'euros) où il joue peu en raison de blessures à répétition. Il revient ensuite en Espagne pour jouer avec le Celta de Vigo, le Deportivo Alavés (finaliste de la Coupe de l'UEFA en 2001) et l'Espanyol de Barcelone.
En 2004, à la suite d'une grave blessure l'ayant placé en statut de semi-retraité, il rejoint l'équipe B de Barcelone pour continuer à s'entrainer et prend part à des matchs de vétérans[1]. Il part ensuite pour l'Ukraine où il joue avec le Metalurg Donetsk.
Après avoir raccroché les crampons dans le championnat maltais en 2010, Jordi Cruijff devient le secrétaire technique du club chypriote de l'AEK Larnaca.
En , il s'engage avec le club israélien du Maccabi Tel-Aviv en tant que directeur sportif. Il recrute son ancien coéquipier du Barça Oscar García Junyent comme entraîneur du club israélien.
Le 14 janvier 2020, il est nommé sélectionneur de l'Équateur[3]. Il démissionne de ce poste six mois plus tard, sans avoir dirigé le moindre match de la sélection[4].
