Avant de jouer dans la Ligue de hockey junior majeur du Québec, Jordan Caron a joué pour le Athol Murray College of Notre Dame en Saskatchewan pour la saison 2005-2006. Il a été le cinquième choix au total lors du repêchage de 2006 de la LHJMQ en étant le premier choix de l'Océanic de Rimouski. Jordan a terminé sa première saison avec l'Océanic en cinquième position au classement des pointeurs de l'équipe en ayant gagné 40 points au cours de 58 parties. À sa deuxième saison, il participa à moins de parties pour des raisons de blessures. Néanmoins, il termina avec un total de 43 points au cours de 46 parties en ayant inscrit 20 buts et récolté 23 mentions d'assistance. Au cours des séries éliminatoires de la saison 2007-2008, il récolta un total de quatre points en neuf rencontres.
Malgré deux bonnes premières saisons dans la LHJMQ avec l'Océanic, il démontra finalement tout le potentiel qu'il possède lors de la saison 2008-2009. En effet, au cours de cette saison, il récolta 67 points en 56 parties en ayant inscrit un total de 36 buts. Il est le troisième de l'équipe au niveau des points pour cette saison. Lors des séries éliminatoires de cette saison, Jordan récolta onze points en treize parties. Étant donné que la ville de Rimouski était l'hôte de la Coupe Memorial en 2009, l'Océanic avait une participation automatique au tournoi. Donc, Jordan participa à la Coupe Memorial sans toutefois remporter le titre puisque l'Océanic fut éliminé face aux Spitfires de Windsor.
Caron s'envole quand même vers Boston pour participer au camp d'entraînement des Bruins, malgré sa blessure. Il effectue son retour au jeu au sein de l'Océanic le après s'être remis de cette blessure[1].
À la date limite de la période d'échanges de la LHJMQ de la saison 2009-2010, Jordan Caron tout comme Patrice Cormier fut échangé aux Huskies de Rouyn-Noranda pour Michaël Beaudry, Alexandre Mallet, un choix de première ronde en 2010 et en 2012 ainsi qu'un choix de deuxième ronde en 2012[2].
Carrière professionnelle
Il fut ensuite sélectionné en première ronde par les Bruins de Boston lors du repêchage de la Ligue nationale de hockey de 2009.
À l'été 2009, Jordan Caron participe au camp de sélection d'Équipe Canada junior (U-20). Il se blesse à la clavicule ayant encaissé une solide mise en échec du défenseur Colten Teubert.