John James Gambier naît le à New Providence aux Bahamas. Son père John Gambier est Lieutenant-Gouverneur des Bahamas. Sa mère était originaire des Bahamas.
Il intègre la Royal Navy en 1767, comme aspirant à bord du HMS Yarmouth, dont le capitaine est un oncle. Rapidement, le jeune Gambier monte dans les grades militaires.
En 1809, il participe à la victoire navale sur la flotte française lors de la bataille de l'île d'Aix. Un différend l'oppose à son subordonné le capitaine de vaisseau Thomas Cochrane de Dundonald. Ce dernier reproche à l'amiral Gambier de ne pas avoir profité des conditions de la victoire pour détruire entièrement la flotte française. Gambier demande de passer devant la cour martiale afin d'être innocenté et blanchi de ces accusations, ce qu'il obtient après plusieurs erreurs de Cochrane ; celui-ci fut reconnu coupable de diffamation d'un officier supérieur par cette même cour.