Ayant fréquenté, dans les années 1970, les cours d'ingénierie mécanique à l'université de Porto, où Joaquim Pina Moura fut l'un des dirigeants de l'Association des étudiants. Il obtient une licence en économie puis un doctorat en économie monétaire et financière de l'Institut supérieur d'économie et de gestion, où il travailla comme assistant universitaire et où il est, à partir de 2005, professeur invité et titulaire d'une chaire.
Militant au sein du Parti communiste portugais dès 1972, Joaquim Pina Moura entre en 1973 à la commission nationale du IIIe Congrès de l'Opposition démocratique et se présente comme candidat aux législatives de la même année sous les couleurs de la Commission démocratique électorale, une coalition d'opposition au régime de l'Estado Novo formée à majorité de communistes.
En 1992, il crée la Plate-forme de gauche, une formation dissidente du PCP, puis adhère au Parti socialiste en 1995. Nommé Secrétaire d'État adjoint du Premier ministreAntonio Guterres lors de la formation de son premier gouvernement le , il est promu ministre de l'Économie lors du remaniement ministériel du . À la suite de la reconduction des socialistes au pouvoir lors des élections législatives d'octobre1999, il est confirmé au ministère de l'Économie, et se voit confier, en parallèle, le portefeuille des Finances, lors de la nomination du second gouvernement Guterres le 28 octobre. Il doit abandonner le premier lors du remaniement du , puis le second le .
Élu député à l'Assemblée de la République pour la première fois en octobre1995 et constamment réélu depuis, il démissionne de son mandat de député le .
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