À partir de 1994, il se consacrera à dénoncer l'implication française dans le génocide des Tutsi du Rwanda, dans de multiples ouvrages, dont le principal, La Nuit rwandaise, donne son nom à une revue annuelle publiée depuis en hommage à son travail et à son action militante[3],[4].
À partir de 1994, il a écrit dans des journaux engagés à gauche (notamment Initiative républicaine, Charlie Hebdo, Politis), voire à l'extrême-gauche, comme le journal trotskiste Rouge[5].
Il collabora à de nombreux programmes de recherche médicale dans ces divers pays, et participa depuis 1994 aux initiatives citoyennes pour faire la vérité sur le drame du génocide des Tutsi au Rwanda. C'est ainsi qu'il rejoignit l'association Survie en . Il a milité contre le négationnisme et la banalisation des génocides à travers plusieurs ouvrages et articles. Ses contributions portent principalement sur le génocide perpétré contre les Tutsi au Rwanda, l'implication française dans cet événement et la désinformation qui l'entoure, en particulier, selon Jean-Paul Gouteux, dans Le Monde, avec le directeur duquel il eut plusieurs procès[6],[7].
En hommage à son travail, le paraissait le premier numéro d'une revue annuelle baptisée La Nuit rwandaise (en référence au titre éponyme de son principal ouvrage sur l'implication française dans le génocide des Tutsi). Le dernier numéro de cette revue, le numéro 11, numéro double en deux tomes totalisant plus de mille pages, est paru en 2020. Comme pour les dix précédentes parutions, chacune d'environ 500 pages, la revue rassemble des contributions diverses de témoins ou de spécialistes, en des articles souvent longs, très documentés et détaillés, tentant de faire le point sur la connaissance, en s'inspirant du travail comme de la méthode de Jean-Paul Gouteux.
Un génocide secret d'État : la France et le Rwanda (1990-1997), Paris, Éditions sociales, 1998
La foi : une histoire culturelle du mal : en danger de croire, Paris et Montréal (Québec), l'Harmattan, 1998
« Le Monde », un contre-pouvoir ? : désinformation et manipulation sur le génocide rwandais, Paris, L'Esprit frappeur, 1999
Un génocide sans importance : la Françafrique au Rwanda, Lyon, Éditions Tahin party, 2001
La nuit rwandaise : l'implication française dans le dernier génocide du siècle, Paris, L'Esprit frappeur, 2002
Apologie du blasphème : en danger de croire, Paris, Éditions Syllepse, 2006
La seconde édition avec un postface de Marc Jarry & Marc Artzrouni en hommage à Jean-Paul Gouteux : la randonnée d’un biologiste au pays des mathématiques est sorti sous le titre de La religion contre l’humanité : Apologie du blasphème, Éditions Matériologiques, 2011.
Articles
« Le vrai bordel c'est le capitalisme » (paru dans Pour le pouvoir international des conseils ouvriers, 1er trimestre 1972)
« Écologie et idéologie » (paru dans Pour le pouvoir international des conseils ouvriers, 2e trimestre 1973)
« Lisez l'Humanité à haute voix et vous sentirez mauvais de la bouche ! » (paru dans Pour le pouvoir international des conseils ouvriers, 3e trimestre 1973, réédition 2e trimestre 1974)
« Contre l'idéologie révolutionnaire » (paru dans Pour le pouvoir international des conseils ouvriers, 1974)
