Parvenu en Amérique du Nord, l'abbé Lamy travaille au sein de plusieurs missions des États de l'Ohio et du Kentucky. Le , il est nommé évêque du nouveau vicariat de l'État du Nouveau-Mexique puis consacré évêque le . Après un voyage périlleux, il arrive à Santa Fe durant l'été 1851.
Ses premiers efforts se concentrent vers une réforme de l'Église du Nouveau-Mexique ; il met un terme au concubinage de certains prêtres et supprime les confréries religieuses.
Enfin, il ordonne la construction de plusieurs églises à l'intérieur de son diocèse et procède à la création de paroisses et d'écoles.
Premier archevêque de Santa Fe
Le , le diocèse de Santa Fe est élevé au rang d'archidiocèse ; Mgr Lamy en devient le premier archevêque. Il entreprend la construction de la cathédrale (Saint Francis Cathedral) de Santa Fe, ainsi que celle de la chapelle Loretto. Le style néo-roman de ces édifices rappelle celui de certaines églises françaises connues de Jean-Baptiste Lamy.
Le premier archevêque de l'archidiocèse de Santa Fe se retire en juillet 1885 dans sa résidence du nord de la ville (la Bishop's Lodge). Il meurt d'une pneumonie en 1888 à l'âge de 74 ans. Sa dépouille repose aujourd'hui dans la crypte de la basilique-cathédrale de la capitale du Nouveau-Mexique. L'archevêque qui lui succède, Jean-Baptiste Salpointe, est également un Français originaire d'Auvergne.
Hommages
Une statue de bronze lui rendant hommage a été érigée en 1925 à l'entrée principale de la basilique-cathédrale Saint-François-d'Assise de Santa Fe (Voir photo)
Une ville à côté de Santa Fe porte le nom de Lamy
Un jardin, le Lamy Gardens, est en cours de réalisation à Santa Fe
Un vitrail ainsi qu'un mémorial aux Évêques du Nouveau-Mexique représentent l'archevêque dans la basilique-cathédrale de Santa Fe
Les Amis du vieux Lempdes, Lempdes : mémoire d'un village, 2000, 196 p., (ISBN2-9515749-0-8).
Ouvrage littéraire
Willa Cather, Death Comes for the Archbishop - La Mort et l'Archevêque, 1927 (jaquette) Note : Selon la liste établie par la Modern Library, cet ouvrage fait partie des 100 meilleurs romans de langue anglaise du XXe siècle. André Le Vot, le biographe de Scott Fitzgerald, l'a qualifié de " westernecclésiastique "
Filmographie
El corazón de Santa Fe, 2009, vidéo de 85 minutes sur l'histoire de la basilique-cathédrale Saint-François-d'Assise de Santa Fé