Il se marie le avec sa cousine germaine Fanny Emden, avec laquelle il a trois enfants : Henriette-Clémentine (qui épousera son cousin issu de germain Joseph Reinach), Lucien et Juliette-Maximilienne.
En 1878, il se lie avec Cornelius Herz, lui aussi juif d’origine allemande qui, après avoir fait fortune aux États-Unis, entretient à Paris des relations avec plusieurs hommes politiques et journalistes, finançant notamment le journal La Justice de Georges Clemenceau.
Reinach s'associe avec Herz et devient, en 1886, responsable de la publicité de la Compagnie universelle du canal interocéanique de Panama, créée, en 1879, par Ferdinand de Lesseps. Il lance une campagne pour encourager les petits épargnants à investir dans la société en s'appuyant sur ses contacts dans la presse et dans la politique, puis il entreprend d'influencer les députés pour obtenir leur appui lors du vote d’une loi autorisant cette Compagnie du canal de Panama, pourtant au bord de la faillite, à émettre un emprunt à lots remboursables (une loterie récompensant certains épargnants). Il s'appuie pour cela sur son homme de confiance, Émile Arton, qui n'hésite pas à distribuer des pots-de-vin à des parlementaires. L'opération porte ses fruits : la loi est votée en , mais il est trop tard et en décembre de la même année la Compagnie du canal de Panama dépose son bilan.
Inculpé de corruption le , Reinach obtient de rester en liberté contre la promesse de livrer ses livres de comptes, et séjourne sur la Côte d’Azur.
Les journaux nationalistes et antisémites de l'époque, comme La Libre Parole d'Édouard Drumont et La Cocarde de Maurice Barrès, mènent alors une violente campagne de presse contre lui. Pour Barrès, « le fameux, influent et actif banquier juif, baron Jacques de Reinach, est un produit de la République parlementaire[2]. »
Cité à comparaître devant le tribunal correctionnel le , il revient à Paris le 19, mais il est retrouvé mort dans son hôtel particulier du 20, rue Murillo le matin du tandis que son gendre Joseph brûle des documents.
Sa disparition donne le véritable coup d’envoi du scandale de Panama. Une commission d'enquête est constituée mais elle établit que sur les 9,8 millions de francs que Reinach avait reçus pour la campagne de presse et soudoyer les députés, il n'en avait dépensé que 3 pour frais de publicité[5]. Par ailleurs, un courrier adressé par Jacques de Reinach à Ferdinand de Lesseps laisse entendre que le banquier était victime d'un chantage de la part de son associé Cornélius Herz.