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Isidore II de Constantinople (en grec : Ισίδωρος Β΄ ; mort en 1462) fut patriarche de Constantinople de 1456 à 1462.
Moine au couvent des Xantopouloi, Isidore avait milité aux côtés de Scholarios contre l'Union de Florence et était le « père spirituel de la Ville » (i.e. la communauté grecque de Constantinople). Il accède au patriarcat après la démission de Gennade II Scholarios vers le 15 janvier 1456[1].
Il meurt, après avoir gouverné l'église six ans et deux mois, le 31 mars 1462[2]. D'après l'historien roumain Nicolas Iorga, son administration n'a pas laissé de traces[3].
Selon Venance Grumel, il a pour successeur son propre prédécesseur Gennade II Scholarios qui aurait retrouvé son siège, alors que Vitalien Laurent intercale à cette époque le pontificat de Joasaph Ier[4].