Mathieu est élu grâce à l'appui de l'empereur Manuel II Paléologue en . En 1401, lorsque Tamerlan entre en guerre contre le sultan Bayezid Ier, Mathieu Ier, persuadé de la victoire des Turcs comme une majorité de la population pro-ottomane, est soupçonné de tractations secrètes avec l'ennemi. Il réussit à se disculper par une encyclique dans laquelle il évoque le déclin de la moralité de ses concitoyens en s'appuyant sur les Épîtres aux Corinthiens de saint Paul[1],[2].
Le patriarche est ensuite contesté pour son manque d'aptitude à remplir ses fonctions par son clergé appuyé par Jean VII Paléologue, qui met à profit l'absence de l'empereur parti en Occident depuis 1399 pour l'écarter. Quatre jours après son retour, le , Manuel II réussit par la force à contraindre les prélats à le rétablir[3].
