En juillet 2020, il est accusé d'avoir plagié sa thèse de doctorat en économie[4].
L'achat par Igor Matovič de doses du vaccin Sputnik V en pleine pandémie de Covid-19 sans avoir obtenu l'aval de ses partenaires de coalition provoque une grave crise politique en [5]. Elle mène à la démission de plusieurs ministres[6]. En réaction, le président du gouvernement propose de démissionner mais à condition d'être ministre au sein du prochain gouvernement[7]. Le lendemain, la présidente de la République Zuzana Čaputová appelle le président du gouvernement à démissionner[8]. Le , suivant l'exemple de leur chef de file le vice-président du gouvernement Richard Sulík, le ministre des Affaires étrangères Ivan Korčok et celui de l'Éducation Branislav Gröhling annoncent également leur démission[9].
Le 28 mars, à l'issue de tractations avec ses partenaires de coalition, Igor Matovič propose de démissionner en échange de la nomination du ministre des Finances Eduard Heger au poste de président du gouvernement. Matovič doit être en échange nommé ministre des Finances dans le prochain gouvernement[10]. Matovič démissionne formellement le 30 mars[11],[12].
Ministre des Finances
Le , comme prévu, la présidente de la République confie à Eduard Heger la mission de former un nouveau gouvernement, avec l'aval de tous les partis de la coalition initiale. Cette permutation de postes permet d'apaiser les tensions au sein de la majorité parlementaire[13]. Le nouveau gouvernement, sans changement par rapport au précédent sauf pour le portefeuille de la Santé, entre en fonction le [14].
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