Les parties de l'île dépendant de Andøy, Sortland et Hadsel sont considérées comme appartenant aux Vesterålen, la région de Tjeldsund et Lødingen est rattachée à Lofoten ; la petite partie de Vågan qui se trouve sur Hinnøya appartient aux Lofoten, tandis que Kvæfjord et Harstad sont rattachées au Sør-Troms.
Hinnøya est reliée au continent par le pont appelé Tjeldsund bru (longueur 1 007 m) qui franchit le détroit du Tjeldsund. Elle est aussi reliée à l'île de Langøya par le pont de Sortland (Sortlandsbru) et à l'île d'Andøya par l'Andøybrua. À l'ouest, le Raftsundbru la relie à Austvågøy. La liaison routière avec les Lofoten (« Lofast »), a été ouverte le .