Le Pakistan a une superficie de 804 000 km2 et possède des frontières communes avec l'Iran (900 km) au sud-ouest, l'Afghanistan (2 400 km) au nord-ouest, la république populaire de Chine (520 km), au nord-est et l'Inde (2 900 km) sur tout son côté est. La côte sud est bordée par la mer d'Arabie avec 1 050 km de littoral.
Le relief est formé de hauts sommets dans le nord (dont le mont K2 qui, à 8 611 mètres d'altitude, est le deuxième point culminant du monde), de montagnes arides à l'ouest, d'un plateau inhospitalier dans le sud-ouest, du désert du Cholistan dans le sud-est et de plaines alluviales consacrées à l'agriculture partout ailleurs.
C'est dans ces plaines (environ 1/3 du territoire), qu'est regroupée la majeure partie de la population. Long de 2 900 km, l'Indus (qui prend sa source au Tibet), traverse le pays sur 2 500 km du nord au sud et se jette dans la mer d'Arabie par un immense delta. Dans cette région où il tombe moins de 500 millimètres de pluie par an, l'Indus et ses affluents irriguent le Pakistan comme un véritable réseau sanguin.