Le groupe Alphonse est situé dans le centre des Seychelles et des îles Extérieures. Mahé, l'île principale du pays, est distante de 403 kilomètres en direction du nord-est. Le groupe Alphonse est constitué de deux atolls séparés par un chenal de trois kilomètres de largeur. Au nord se trouve l'atoll Alphonse qui ne comporte qu'une île, l'île Alphonse, et au sud se trouve l'atoll Saint-François qui comporte deux petites îles, l'île Bijoutier et l'île Saint-François. La superficie des terres émergées est de 1,96 km2 mais les atolls totalisent environ 50 km2 de superficie, lagons inclus. Seule l'île Alphonse est habitée par 300 habitants.