Pendant la Seconde Guerre mondiale, avec le père Louis Favre, Raymond Boccard et d'autres prêtres[3], il profite de la proximité géographique de la Suisse pour y faire passer de nombreux Juifs, ainsi que d'autres personnes inquiétées par les Allemands et par le régime de Vichy[2]. Il donne rendez-vous aux fugitifs et les fait franchir un par un le mur du collège, à l'aide d'une échelle, et les fait passer en Suisse[2].
Les Allemands investissent l'école le , arrêtent plusieurs enseignants, les interrogent en les brutalisant. Le père Louis Favre est exécuté, les autres sont relâchés[2].
« Le père Louis Favre, le père Gilbert Pernoud et le frère Raymond Boccard », dans Les Justes de France, Mémorial de la Shoah, (ISBN2952440948 et 9782952440943), p. 58 [extraits en ligne].
« Pernoud, Gilbert », sur yadvashem-france.org, Comité français pour Yad Vashem (consulté le ).
