Au niveau communal, à Baden, Geri Müller fait partie du Team Baden, une section locale des Verts. Il siège de 1991 à 1993 au parlement de la ville. En 1995, il est élu au Grand Conseil du canton d'Argovie. Il y reste jusqu'en 2003, et y est chef de groupe de 1999 à 2003.
En 2006, il est élu à l'exécutif de la ville de Baden, responsable de la culture.
En 2014, il est victime de chantage et revenge porn de la part de sa partenaire d'alors. Les images ont été prises dans son bureau. Cela nuit considérablement à sa carrière politique. Il n'est pas réélu en 2017[2],[3].