Il est arrêté par les Français en 1808 et emprisonné pendant trois mois au château de Joux (La Cluse-et-Mijoux, Doubs). Sa création de cardinal est publiée le . Guidobono est camerlingue du Sacré Collège en 1822-1823. Il participe au conclave de 1823 lors duquel Léon XII est élu pape et il est préfet de la "Congrégation de la bonne gouvernance" à partir de 1824.