1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour : 18 août 2023
Fernández fait ses débuts dans le championnat argentin lors de la 5e journée de l'Apertura 2008 contre Vélez Sársfield. Il prend part à deux rencontres en Copa Sudamericana 2008 (contre Arsenal et Botafogo) dans le parcours de l'Estudiantes qui verra le club argentin arriver jusqu'en finale.
Le , dans le match contre Lanús (0-3), Fernández marque son premier but sur une passe de son coéquipier Juan Sebastián Verón. Le , il inscrit un nouveau but dans la large victoire contre l'Independiente (1-5). Il dispute les deux matchs du quart de finale de Copa Libertadores 2009 contre le Defensor SC. Il ne fera plus d'apparitions dans la compétition mais son club parvient à remporter le trophée.
Lors de la saison 2010-2011, Federico Fernández s'impose comme titulaire au sein de la défense de l'Estudiantes. Ses performances permettent au club de gagner le championnat d'ouverture (Apertura 2010). Le , Fernández marque un but de la tête en Copa Libertadores 2011 contre le club colombien du Deportes Tolima mais les argentins concèdent le nul (1-1).
Naples
En , le Napoli achète Fernández pour un montant de 2,3 millions d'euros. Mais en raison d'un problème de passeport, le joueur argentin ne peut rejoindre le club de Serie A qu'en .
Le , il met 2 buts de la tête face au Bayern Munich en Ligue des champions, essayant de faire une incroyable remontée après un triplé de Mario Gómez, mais son équipe perd quand même 3-2.
Swansea
Le , il rejoint le club gallois de Swansea pour quatre ans. Il portera le numéro 33.
Newcastle
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