Issu d'une famille turque du Caire, Ekmeleddin İhsanoğlu étudie les sciences aux universités Ain Shams et al-Azhar et obtient son doctorat à l'université d'Ankara en 1974[1]. Il est le fondateur du département d'histoire des sciences de la faculté des lettres de l'université d'Istanbul[2].
Après une carrière diplomatique au service de son pays, il est élu secrétaire général de l'Organisation de la coopération islamique (OCI) en 2004[3] et occupe cette fonction entre décembre 2004 et janvier 2014.
Le 15 janvier 2013, en tant que secrétaire général de l'OCI, Ekmeleddin Ihsanoglu, déclare l'intervention militaire française au Mali « prématurée »[5] et réclame un cessez-le-feu[6]. Le lendemain, il change sa position et affirme dans un communiqué son « soutien total » à l'opération et sa « solidarité avec la République du Mali »[7],[8].
En avril 2018, il apporte son soutien à la décision de son parti de soutenir la candidature du président sortant Erdoğan à l'élection présidentielle turque de 2018[11].