Výborný fait ses premiers pas dans le hockey en jouant pour l'équipe du HC Sparta Prague dans le championnat de Tchécoslovaquie en 1990 puis dans le championnat tchèque (Extraliga) à la suite de la partition de la Tchécoslovaquie. Lors de la saison 1992-1993, il inscrit 20 buts et 44 points en 52 matchs pour le Sparta qui gagne le championnat cette année-là. Výborný est également et est élu meilleure recrue de l'année. À la fin de la saison, au cours du repêchage d'entrée dans la Ligue nationale de hockey, il est choisi par les Oilers d'Edmonton en seconde ronde (23e choix). Il reste encore une saison en Europe et inscrit 46 points pour le Sparta avant de rejoindre l'Amérique du Nord.
Il revient une nouvelle fois la saison d'après jouer au sein du Sparta Prague avec qui il inscrit 70 points en 52 matchs et finit meilleur pointeur de la ligue avec 18 points d'avance. L'année d'après, il finit second meilleur pointeur et gagne avec son équipe le championnat. Ces deux années, il est sélectionné dans le Match des étoiles de l'Extraliga.
Le 8 juin2000, Výborný signe avec la nouvelle franchise de la LNH, les Blue Jackets de Columbus[1]. Lors de son premier match, le , il inscrit un but, mais ses résultats ne sont pas pour autant à la hauteur de ses résultats passés. Il finit tout de même la saison avec le plus de tirs de fusillade réussis par une recrue.
Durant le lock-out 2004-2005 de la LNH, Výborný retourne une fois de plus jouer dans son club de prédilection, le Sparta Prague.
Il détient le record de sélections en équipe de République tchèque, avec 218, ainsi que le record national du nombre de participations aux Championnats du monde, 12[3].
