Issu d'une famille protestante, Daniel Charpilloz est le fils d'Alfred Charpilloz (1856-1924) et de Caroline-Irma Voutat[1]. Il est issu d'une famille de 13 enfants[2].
Daniel Charpilloz effectue ses études à l'école cantonale de Porrentruy. En 1915, il obtient un diplôme du technicum à l'école d'ingénieurs de Bienne. Devenu chef de fabrication, il fut associé à la direction de l'entreprise familiale de décolletage : Hélios à Bévilard de 1919 à 1940[N 1]. En 1940, son frère Arnold se retrouve seul comme chef de la fabrique car, en 1941, Daniel racheta Malleray Watch (aujourd'hui DC Swiss SA) et se lança dans la fabrication de tarauds, filières et alésoirs de précision.
En 1929, il est le cofondateur du trust des fabricants de pignons et devient président de l'Association suisse pour l'outillage et les instruments de précision en 1946[3].
Lors de l'affaire Moeckli, il demanda la « libération » du Jura au cours de la manifestation populaire du . Il est alors membre fondateur et premier président du Mouvement séparatiste jurassien, puis du Rassemblement jurassien de 1947 à 1954.
Daniel Charpilloz meurt le 22 juillet 1955, à Bévilard (BE), à l'âge de 62 ans[1]. Il repose au cimetière de Bévilard[4].
