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Crystal Dynamics se fait notamment connaître en développant ses premiers jeux sur consoles 32 Bits : Sega Saturn, PlayStation et 3DO de Panasonic (Gex, Pandemonium...) puis en récupérant les franchises Legacy of Kain en 1999, et Tomb Raider en 2006.
Mark Cerny et Madeline Canepa, tous deux provenant de Sega, ont aidé le studio à développer leurs premiers jeux[réf. nécessaire].
Amy Hennig, réalisatrice et scénariste de jeu vidéo, y officie de 1995 à 2004, année à laquelle elle rejoint le studio Naughty Dog.
1997 : la suite, Pandemonium 2. À noter, après le succès retentissant de Tomb Raider et de son héroïne, le personnage de Nikki a été remodélisé pour mieux correspondre au physique de Lara Croft.
1998 : Gex: Enter the Gecko est un jeu d'action/aventure en 3D (au gameplay inspiré de Tomb Raider) sorti sur PlayStation en début d'année. C'est la résurrection d'un ancien jeu de Crystal Dynamics sorti en 1994 sur 3DO. Gex est un lézard aux allures de James Bond, qui doit accomplir diverses missions dans chacun des niveaux du jeu, qui parodient l'univers télévisuel américain. Gex a été la mascotte officielle de Crystal Dynamics durant l'année 1998.
Akuji The Heartless arrive vers la fin de l'année sur PlayStation. C'est un jeu de plate-forme/aventure, empruntant beaucoup au gameplay de Tomb Raider et qui a la particularité d'être très violent et sanglant.
2010 : Crystal Dynamics sort Lara Croft and the Guardian of Light, qui est le point de départ d'une nouvelle série, Crystal Dynamics souhaitant distinguer le personnage Lara Croft du reste de la série Tomb Raider. Contrairement aux anciens jeux, ce spin-off se distingue par son approche sous forme de jeu d'arcade. Le jeu a un point de vue isométrique et le gameplay peut être coopératif.
2013 : Crystal Dynamics sort Tomb Raider. Cet épisode est qualifié de reboot. Les mécanismes du jeu sont totalement revus, et Crystal Dynamics parle de survival action.
2015 : Crystal Dynamics sort Rise of the Tomb Raider, la suite du reboot de 2013. Il sort à cette date en exclusivité temporaire sur les consoles Xbox, puis en 2016 sur PC et PlayStation 4.
