En 1536, Vasari l'appelle pour les décorations de la cérémonie d'accueil de Charles Quint dans la ville. L'année suivante, accusé de conspiration contre Cosme Ier de Toscane, Cristofano Gherardi, chassé de Toscane, doit quitter Borgo San Sepolcro pour se réfugier dans le proche État pontifical. De 1537 à 1546, il est hébergé par l'abbé Giulio Bufalini à San Giustino, où il travaille aux fresques de scènes mythologiques de certaines salles du Castello Bufalini ainsi qu'à Città di Castello[1].
Finalement amnistié, il retourna à Florence en 1554 et travailla au Palazzo Vecchio.
Pendant cet exil, il peint la Visitation de Marie à Élisabeth pour l'église San Domenico à Città di Castello, des décorations d'église à Sansepolcro, et des travaux pour les Vitelli pour qui il travaille longtemps.
Il retourne assister Vasari pendant ses deux dernières années dans les travaux du Quartiere degli Elementi au Palazzo Vecchio, si bien que certaines fresques leur sont attribuées conjointement (Castration d'Uranus, Sala di Cerere…), puis Vasari emploie pour le remplacer Giovanni Stradano comme assistant principal.
Œuvres
La Sala di Cerere et autres fresques au Quartiere degli Elementi, notamment Chronos castre son père Ouranos, le dieu grec du ciel, huile sur bois, plafond de la salle dite « des Éléments », Palazzo Vecchio, Florence (1556 - avec Giorgio Vasari