La chapelle Sainte-Marie ouvre ses portes en 1814, et est conçue par James Gillespie Graham. L'église est considérablement embellie ensuite, et en 1878 avec le rétablissement du clergé écossais, elle est devenue la pro-cathédrale de l'archidiocèse. Elle est baptisée « cathédrale métropolitaine », le avec tous les droits et privilèges d'une telle église.
La cathédrale est agrandie, reconstruite et réaménagée plusieurs fois, le dernier changement structurel important eut lieu dans les années 1970. Le pape Jean-Paul II visite la cathédrale Sainte-Marie en dans le cadre de sa visite pastorale en Écosse.
