La monophylie des Capsalidae est soutenue par le caractère morphologique de possession de sclérites accessoires[3] dans le hapteur (l'organe postérieur d'attachement des monogènes), et a été confirmée par phylogénie moléculaire[4].
La liste des genres telles que reconnue par World Register of Marine Species (26 janvier 2021)[6] est indiquée ci-dessous. Les analyses moléculaires récentes ont montré toutefois que certains genres qui ont été définis sur des caractères morphologiques ne sont pas monophylétiques[4].
↑(en) Bychowsky, B. E.Monogenetic Trematodes. Their systematic and phylogeny, Akad. Nauka. USSR, traduction en anglais par l'American Institute of Biological Science, Washington, 1957, 509 p. DOI10.5962/bhl.title.7475
↑(en) Yamaguti, S.Systema Helminthum IV. Monogenea and Aspidocotylea, London-New York, Interscience Publishers, 1963, 699 p.
↑ ab et c(en) Whittington, I. D. « The Capsalidae (Monogenea: Monopisthocotylea): a review of diversity, classification and phylogeny with a note about species complexes » Folia Parasitologica 2004;51, 109-122. PDF
↑ a et bElizabeth M. Perkins, Steve C. Donnellan, Terry Bertozzi, Leslie A. Chisholm et Ian D. Whittington, « Looks can deceive: Molecular phylogeny of a family of flatworm ectoparasites (Monogenea: Capsalidae) does not reflect current morphological classification », Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 52, no 3, , p. 705–714 (ISSN1055-7903, DOI10.1016/j.ympev.2009.05.008)
↑(en) László Orbán, Truong Dinh Hoai et Kate S. Hutson, « Reproductive strategies of the insidious fish ectoparasite, Neobenedenia sp. (Capsalidae: Monogenea) », PLoS ONE, vol. 9, no 9, , e108801 (ISSN1932-6203, DOI10.1371/journal.pone.0108801)