Cependant, à partir du début du XVIIe siècle, Hispaniola fut très vite convoitée par les flibustiers français, établis dans l'île de la Tortue située sur la côte nord-ouest, d'où ils pillaient les galions espagnols qui faisaient route vers l'Espagne.
La moitié occidentale de l'île allait peu à peu revenir aux boucaniers qui ravitaillaient en viande les flibustiers.
Carte de l'île d'Hispaniola au XVe siècle
En 1665, la colonisation française fut officiellement reconnue par Louis XIV. Bertrand d'Ogeron fut alors nommé gouverneur de cette partie de l'île qui prit le nom de Saint-Domingue.
En octobre 1697, le traité de Ryswick mit fin à la guerre franco-espagnole et reconnut à la France le droit de se maintenir sur la partie occidentale de l'île, l'Espagne conservant la partie orientale.
Puis la partie orientale tomba également entre les mains des français en 1795, lors de la signature du traité de Bâle. Cette réunification fut néanmoins de courte durée, puisque l'ouest de l'île fut très vite secoué par la révolution haïtienne, que l'expédition de Saint-Domingue envoyée par Bonaparte ne put mater, et qui aboutira à l'indépendance de la république d'Haïti, première république noire du monde, proclamée en 1804 par Jean-Jacques Dessalines.
Par la suite, une révolte des habitants hispanico-créoles délogera les Français de la partie orientale en 1809.
L'Espagne récupérant sa colonie s'y maintiendra jusqu'à ce que l'indépendance de l'Haïti espagnol soit proclamée le . Mais les Haïtiens envahirent la partie orientale de l'île dès 1822. Les Dominicains durent proclamer une nouvelle fois leur indépendance en 1844 et expulsèrent les haïtiens ; l'Espagne ne reconnut l'indépendance de Saint-Domingue qu'en 1855. Ils reprirent(es) cependant la partie orientale de l'île en 1861 à la suite de la décision du président Pedro Santana et réinstallèrent la capitainerie. Mais la guerre de restauration mit définitivement fin à la domination espagnole et à la capitainerie générale en 1865.
.svg)
.svg)
