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Le COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) est un groupe d'agences de santé publique et d'institutions universitaires au Royaume-Uni créé en avril 2020[1],[2],[3] pour collecter, séquencer et analyser les génomes du SARS-CoV-2 dans le cadre de la réponse à la pandémie de COVID-19. Le consortium comprend les quatre agences de santé publique du Royaume-Uni, des organisations du National Health Service, des partenaires universitaires et le Centre Sanger. Le consortium est connu pour avoir identifié pour la première fois le variant Alpha du SARS-CoV-2 (à l'époque, appelée Variant of Concern 202012/01) en novembre 2020[4]. En janvier 2021, 45% de toutes les séquences du SRAS-CoV-2 téléchargées dans la base de données de séquençage GISAID provenaient du COG-UK[5],[6],[7].
En avril 2021, COG-UK a commencé la transition prévue du séquençage vers un service national, qui devrait s'achever d'ici septembre 2021[8]. COG-UK a déclaré que ses priorités après cette transition sont le couplage de données, la recherche et la formation internationale[9].
Le séquençage national coordonné précoce et à grande échelle des génomes viraux du SRAS-CoV-2, ainsi que le partage ouvert et rapide des données génomiques, ont eu l'impact suivant sur les 12 premiers mois de la réponse à la pandémie de COVID-19[10] :
En avril 2021, COG-UK a annoncé ses priorités stratégiques pour les 12 mois suivants[9] :
COG-UK est soutenu par un financement de 20 millions de livres sterling du ministère de la Santé et des Affaires sociales, de la Recherche et de l'Innovation du Royaume -Uni (UKRI) et du Wellcome Sanger Institute[1]. Le consortium a également été soutenu par le Fonds d'innovation pour les tests du ministère de la Santé et des Affaires sociales le 16 novembre 2020 pour faciliter la capacité de séquençage du génome nécessaire et pour répondre au nombre croissant de cas de COVID-19 au Royaume-Uni au cours de la période hivernale[20].
Les partenaires du consortium comprennent le Wellcome Sanger Institute, le Quadram Institute et 15 autres[21] universités dont l'université Queen's de Belfast, l'université de Birmingham, l'université de Cardiff, l'université de Cambridge, l'université d'Édimbourg, l'université d'Exeter, l'université de Glasgow, l'université de Liverpool, l'université de Northumbria, l'université de Nottingham, l'université d'Oxford, l'université de Portsmouth, l'University College de Londres, l'Imperial College London et l'université de Sheffield[22].
Le directrice exécutive du consortium est Sharon Peacock, professeur et microbiologiste à l'université de Cambridge[23],[5]. Sharon Peacock est également en détachement à temps partiel auprès de Public Health England en tant que directrice scientifique, où elle se concentre sur le développement du séquençage des agents pathogènes via COG-UK[24].
Pendant la pandémie de COVID-19, les outils développés par le consortium COG-UK ont été largement utilisés, y compris, par exemple, l'affectation phylogénétique des lignées d'épidémie mondiales nommées (PANGOLIN)[25]. Le variant Alpha du SARS-CoV-2 a été détecté en novembre 2020 par le consortium COG-UK[4],[26]. Le variant fait l'objet d'enquêtes en cours par les agences de santé publique britanniques, coordonnées par le Public Health England et soutenues par COG-UK[27].
Le nombre de séquences que COG-UK a téléchargées sur GISAID est d'un peu moins de 5 % de tous les cas de COVID-19 au Royaume-Uni, contre 3,2 % pour les États-Unis et 60 % pour l'Australie[5]. Environ 60% d'entre eux ont été séquencés au Wellcome Sanger Institute[23]. En décembre 2020, le consortium COG-UK aurait retracé « l'histoire génétique de plus de 150 000 échantillons de virus Sars-Cov-2 »[28].