BNFL était détenue par le gouvernement britannique. En 1996, les 8 réacteurs nucléaires britanniques les plus récents (7 réacteurs nucléaires AGR et 1 réacteur REP) ont été privatisés pour 2,1 milliards de livres sterling[1]. Les plus vieux réacteurs Magnox n'étaient pas suffisamment rentables et restèrent dans la société publique Magnox Electric. Le 30 janvier 1998, Magnox Electric a fusionné avec BNFL. En 1999, BNFL achète une filiale de Westinghouse.
Le 1er avril 2005, le gouvernement britannique a décidé de transférer les sites nucléaires à l'Autorité britannique de démantèlement nucléaire (NDA) nouvellement créée. En février 2006, BNFL a vendu sa filiale Westinghouse. En mars 2006, BNFL a annoncé son intention de vendre sa filiale British Nuclear Group chargée du démantèlement de ses vieilles centrales nucléaires, pour un coût estimé à quelque 100 milliards d'euros[2].
En mai 2009, BNFL a finalisé la vente de tous ses établissements et a cessé ses activités ; mais continuait cependant d'exister en tant qu'entité légale afin d'honorer ses engagements vis-à-vis des retraites et du démantèlement de ses installations nucléaires.
Le 14 octobre 2010, le secrétaire d'état Francis Maude a annoncé la fin de l'existence de BNFL (ainsi que de certaines autres organisations gouvernementales)[3].